אגף המודיעין חושף עדויות מתוך חקירות מחבלים של ארגון הטרור חמאס וגא״פ שבוצעו על ידי חוקרי יחידה 504, בהם מתוארים התארגנות גדולה של מחבלים בבית החולים שיפא: ״כ-600 עד 1,000 פעילי חמאס שמתחבאים בבית החולים״, ופירוט על אמצעי הלחימה שאוחסנו במרחב.
בנוסף, מציינים המחבלים בחקירה את התשתיות המסודרות של ארגון הטרור חמאס בביה״ח, המשמשות את בכירי הארגון לתכנון והכוונת טרור. אחד הנחקרים, פעיל גא״פ אמר כי "הפעילים נמצאים בכל המבנים, מפוזרים בכל מקום".
החקירות מהוות עדות נוספת לאופן בו ארגון הטרור חמאס מסכן ביודעין את תושבי הרצועה, ״אין למחבלים מקום בטוח להיות בו חוץ מבתי החולים, ולכן הם נמצאים בבתי ספר או מקומות דומים״.